Dalam melaksanakan program-program pendidikan dan pengajaran, Pondok Pesantren Al-Munawwarah membentuk lembaga yang berperan dalam pendidikan santri selama 24 jam. Lembaga tersebut di bawah kontrol langsung dari kiai, yang merupakan central figure dalam kehidupan pesantren. Lembaga-lembaga tersebut adalah:
1. Pengasuhan Santri
Lembaga yang membidangi pendidikan dan pembimbingan santri secara keseluruhan, mencakup pembinaan, penerapan disiplin, peningkatan ibadah, pembentukan mental karakter hingga berbagai aktivitas ekstrakurikuler penunjang pendidikan. Lembaga ini membawahi dua organisasi santri:
- Organisasi Pelajar Pondok Munawwarah (OPPM), yaitu organisasi santri KMI.
- Koordinator Gugus Depan Pondok Pesantren Al-Munawwarah, yakni organisasi kepramukaan santri KMI.
2. Kulliyyatu-l-Mu’allimin Al-Islamiyyah (KMI)
Kulliyatu-l-Mu’allimîn Al-Islâmiyyah (KMI) adalah lembaga yang bertanggungjawab atas pelaksanaan program akademis bagi santri Pondok Pesantren Al-Munawwarah pada jenjang pendidikan menengah, dengan masa belajar 6 atau 4 tahun, setingkat Tsanawiyah dan Aliyah.
KMI merupakan lembaga pendidikan guru Islam yang mengutamakan pembentukan kepribadian dan sikap mental serta penanaman ilmu pengetahuan.
a. Program Pendidikan
KMI Pondok Pesantren Al-Munawwarah setingkat SMP/MTs dan SMA/MA dan diperuntukkan bagi siswa lulusan Sekolah Dasar atau Madrasah Ibtidaiyah, dengan masa belajar 6 tahun.
b. Kurikulum
Prinsip penyusunan kurikulum pengajaran di KMI adalah keseimbangan yang proporsional antara pengetahuan agama dan umum, serta integrasi antara intra, ekstra dan ko-kurikuler.
c. Kegiatan KMI
KMI mempunyai banyak kegiatan, ada kegiatan harian seperti KBM, juga kegiatan mingguan, tengah tahunan, tahunan serta kegiatan ko-kurikuler sebagai penunjang utama. Diantara kegiatan yang dilaksanakan di KMI adalah: Pertemuan evaluasi bulanan guru; penataran guru; pembekalan dan penyiapan guru untuk menguasai materi yang diajarkan (ta’hil al-mudarrisin); pengawasan dan evaluasi program belajar-mengajar; bimbingan belajar malam; ujian mid semester dan semester; kajian kitab turast (kitab kuning); ujian praktek mengajar (micro teaching); praktek manasik haji; pelatihan penyelenggaraan jenazah; pelatihan membuka kamus-kamus; penulisan karya ilmiah; diskusi umum; dan lain-lain.
d. Fasilitas
Di antara fasilitas penunjang keberhasilan proses pembelajaran di KMI adalah: perpustakaan santri dan perpustakaan referensi guru, perkantoran, ruang belajar yang representatif dan berbagai alat peraga pengajaran.
