Sebagai lembaga pendidikan kader pemimpin yang mengutamakan pembentukan mental karakter anak didiknya,
Pondok Pesantren Al-Munawwarah menerapkan sistem pendidikan yang integratif, komprehensif dan mandiri.
1. Integratif
Integratif maksudnya keterpaduan antara intra, ekstra maupun ko-kurikuler dalam satu kesatuan. Sehingga mampu secara konsisten memadukan tripusat pendidikan (pendidikan keluarga, sekolah dan masyarakat) dalam satu program. Memadukan antara keunggulan sistem pendidikan pesantren dan sistem pengajaran madrasah dalam satu paket. Mengintegrasikan antara iman, ilmu dan amal, antara teori dan praktek dalam satu kesatuan.
2. Komprehensif
Komprehensif maksdunya bersifat menyeluruh dan komplit, mengasah semua potensi kemanusiaan, (intelektualitas, spiritualitas, mentalitas, serta fisik) menuju kesempurnaan. Dalam kurikulum pengajaran, menekankan pada keseimbangan antara ilmu agama dan umum, mencakup semua ilmu yang bersifat metodologis maupun bersifat material dan tidak mengenal sistem dikotomis ilmu pengetahuan.
3. Mandiri
Mandiri maksudnya sebagai lembaga pendidikan, Pondok Pesantren bersifat mandiri, demikian pula organisasi, pendanaan, sistem, kurikulum, hingga manusia-manusianya semuanya mandiri. Seluruh santri dan guru dilatih untuk mengatur tata kehidupan pondok secara menyeluruh (self goverment) tanpa melibatkan orang lain. Hal ini juga menjadi sarana pendidikan yang efektif bagi santri dan guru.
Sarana utama dalam pendidikan di Pondok Pesantren Al-Munawwarah adalah keteladanan, pembelajaran, penugasan dengan berbagai macam kegiatan, pembiasaan dan pelatihan, sehingga terciptalah miliu yang kondusif, karena seluruh santri tinggal di dalam asrama dengan disiplin tinggi. Setiap kegiatan dikawal dengan rapat, disertai pengarahan, bimbingan dan evaluasi, serta diisi dengan pemahaman terhadap manfaat, sasaran dan latar belakang filosofisnya. Dengan demikian seluruh dinamika aktivitas tersebut dapat berjalan dengan baik dan memberikan hasil optimal.
